Survol du microbiote intestinal
Nous sommes un compromis primate-microorganismes !
Le souci de ce compromis ? Conserver un rapport risques-bénéfices satisfaisant pour la santé des deux partenaires.
En tant que compromis, nous possédons un génome humain et un génome microbien. Ce dernier regroupe un pool de gènes 150 fois supérieur au pool contenu par le génome humain !
Aussi appelé "microbiome", le génome microbien consiste en l'ensemble des gènes de nos microbiotes (cutané, ORL, pulmonaire, digestif, dont intestinal, vaginal et urinaire) auxquels s'ajoutent leurs constantes et leurs variables. Quant aux microbiotes ("flores"), ils correspondent à des communautés de microorganismes commensaux, tels des bactéries (majoritaires), des archées, des virus procaryotes, des parasites et des champignons non pathogènes.
Crédit image : worldmicrobiomeday.com
De tous les microbiotes, l'intestinal ne cesse de faire la une des études scientifiques (9800 études publiées et deux vastes programmes internationaux de recherche (My New Gut Project, en Europe et Microbiome Gut-Brain Axis, aux USA). Ayant une activité métabolique comparable à celle d'un organe entier, le microbiote intestinal joue l'interface entre les nutriments et l'épithélium intestinal (lequel, rappelez-vous, contient des cellules immunitaires et neurales).
Ses fonctions, essentielles à la santé de l'hôte, sont nombreuses. Son lien avec notre santé et son implication dans l'initiation et le développement des maladies chroniques non-transmissibles intra- et extra-intestinales (cancers du colon et du rectum, maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, MICI, syndrome de l'intestin irritable, maladies auto-immunes, maladies métaboliques, maladies neuropsychiatriques, allergies, obésité, etc.) est, aujourd’hui, reconnu.
Crédit image : N. Engl. J. Med
Partenaire de son hôte, le microbiote intestinal évolue en même temps que celui-ci :
acquis à la naissance*, il présente une composition qui reflète celle du microbiote vaginale de la mère (si accouchement par voie basse) ou celle de son microbiote cutané (si accouchement par césarienne) ;
sous l'influence de facteurs exogènes et endogènes, son évolution se poursuit pour atteindre une composition "adulte" entre la 2e et la 3e année de vie de l'hôte.
* Pour certains chercheurs, l'acquisition du microbiote intestinal a lieu avant la naissance. Plus précisément, elle se déroule à l'étape foetale, c'est-à-dire, lors de la gestation. Cette thèse est, cependant, très controversée.
La composition "adulte" est spécifique pour chaque individu, telle l'empreinte digitale ! Cependant, l'on estime qu’un tiers de cette composition est constitué de bactéries communes à tous les individus, les deux tiers restants nous étant propres.
Que trouves-t-on dans la composition "adulte" ? Des microbes aux sonorités exotiques : Firmicutes, Bactéroidetes, Actinobacteria et Protéobacteria (pour le microbiote intestinal dominant), Streptococus, Enterobacteriacae, Lactobacillus (pour le microbiote intestinal sous-dominant). D'autres bactéries, mais aussi des levures complètent le tableau, de manière transitoire, en rentrant dans la composition du microbiote intestinal de passage.
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La composition "adulte" reste stable, en l'absence de perturbations génétiques, épigénétiques, endogènes et exogènes. En leur présence, elle retourne à son état initial, grâce aux capacités de résistance et de résilience du microbiote intestinal.
Détrompez-vous, ces capacités ne sont pas infinies. La répétition des perturbations, l'état de santé de l'hôte et son âge, peuvent limiter ces capacités et se concrétiser en l'altération de l'équilibre normal de la composition "adulte". On parle alors, de dysbiose intestinale.
La dysbiose intestinale favorise le développement de bactéries entrainant une pathogénicité de type inflammation chronique silencieuse. Cette dernière est entretenue par la production excédentaire d'espèces réactives de l'oxygène (stress oxydatif), le tout contribuant au déterminisme des maladies énumérées. Leur explosion actuelle coûte à la société, engendre de la souffrance et risque de nous faire revoir à la baisse notre espérance de vie.
La recherche scientifique se concentre sur les possibilités de leur prévention en s’intéressant, notamment, à la modulation de la composition "adulte" du microbiote intestinal par la nutrition, la pharmacobiotique (transplantations fécales, y compris) et par leur combinaison. Les médecines complémentaires et alternatives (MCA) pourraient trouver leur place, dans une approche élargie.
À l'ère du post-génome humain, une pratique de santé 4P (prédictive, préventive, personnalisée et participative) se dessine davantage. Elle se doit soucieuse de deux partenaires génomiques du compromis que nous sommes.
Auteure : Melania KIEL, 16 septembre, 2018